Mithril mengetahui bahwa ada sebuah organisasi rahasia yang memiliki teknologi yang mampu melawan ECS (Electronic Cloaking System). Organisasi yang dikenal sebagai Amalgam ini juga memiliki “Teknologi Hitam” yang didapat dari Chidori Kaname, dan lembaga intelijen lainnya. Mereka berniat untuk mendapatkan lebih banyak lagi. Namun, ketika misi Sousuke untuk melindungi Chidori dihentikan oleh Mithril, semua jadi seperti rencana Amalgam…